Intonácia a ladenie organu patrí ku kľúčovým procesom, ktoré ovplyvňujú celkovú kvalitu a výsledný zvuk každého nástroja. Intonácia zahŕňa úpravu jednotlivých píšťal tak, aby vydávali požadovaný tón, dynamiku, intenzitu a farbu. Týmto vytvárame vyvážený a kultivovaný zvukový prejav. Ladenie organu spočíva v presnom nastavení frekvencie tónov, aby boli v súlade so zvyškom nástroja. Tieto procesy vyžadujú veľkú odbornú zručnosť s citom pre detail, čím sa dosahuje jedinečný a čistý zvuk organu.