The intonation and tuning of the organ is one of the key processes that affect the overall quality and final sound of any instrument. Intonácia zahŕňa úpravu jednotlivých píšťal tak, aby vydávali požadovaný tón, dynamiku, intenzitu a farbu. Týmto vytvárame vyvážený a kultivovaný zvukový prejav. Ladenie organu spočíva v presnom nastavení frekvencie tónov, aby boli v súlade so zvyškom nástroja. Tieto procesy vyžadujú veľkú odbornú zručnosť s citom pre detail, čím sa dosahuje jedinečný a čistý zvuk organu.